Với sức khỏe ốm yếu, vào giữa năm 1828, ông đã từ chức khỏi chức vụ của mình, nghỉ hưu ở ngoại ô thành phố Caracas.[2] Trước khi chết, ông đã viết ý nguyện của mình trong một lá thư gửi Bolívar, nơi ông tuyên bố tài sản của mình là "sự tưởng nhớ đến các cống hiến của tôi cho nền cộng hòa và ký ức về tình bạn trọn đời của chúng tôi".  Cristóbal Mendoza qua đời tại Caracas vào ngày 8 tháng 2 năm 1829. Tang lễ của Mendoza diễn ra vào ngày 9 tháng 2 năm 1829 tại Nhà thờ San Pablo (nay là Santa Teresa). Ban đầu, anh được chôn cất trong "Brothers of San Pedro" (Góc của Canons). Nhiều năm sau,[9] ông được chôn cất trong Nhà thờ Altagracia (Iglesia de Altagracia).[1] Vào tháng 10 năm 2014, một nhà lập pháp của Hội đồng Lập pháp bang Trujillo đã đề xuất rằng hài cốt của Mendoza sẽ được chuyển đến National Pantheon of Venezuela như một anh hùng dân tộc.